Istnieją trzy typy wskazań do obrzezania: konieczne, zalecane i niekonieczne. W pierwszej grupie mieści się obrzezanie ze względu na schorzenia. Należy do nich stulejka, czyli problem ze zbyt ciasnym napletkiem. Jeśli niemożliwe jest odciągnięcie napletka z żołędzi, dochodzi do trudności w czynnościach higienicznych, w oddawaniu oczu, a także w funkcjonowaniu seksualnym. Tego stanu nie można leczyć przez naciąganie napletka, ponieważ grozi to urazami. Stulejka dotyczy również małych chłopców – rodzice powinni zdać sobie sprawę, że obrzezanie jest wówczas niezbędne.

Kolejnym koniecznym wskazanie jest zapalenie żołędzi, dające takie objawy, jak swędzenie i pieczenie penisa, ropne i wrzodziejące wykwity na żołędzi, opuchlizna i zaczerwienienie. . Przyczyny to np. nadmierna potliwość, brak higieny, ciasna bielizna i choroby weneryczne. Dolegliwość ta może prowadzić do stulejki. Czasami leczenie polega na antybiotykoterapii, lecz często jest to niewystarczające i pacjent musi zostać obrzezany.

Wskazaniem do obrzezania jest także zbyt krótkie wędzidełko napletkowe lub jego zerwanie. Nieleczone krótkie wędzidełko zrywa się, a następnie samoistnie goi. Ciągłe jego zrywanie i gojenie doprowadza do bliznowacenia. Czasami leczenie polega na przecięciu i ponownym zszyciu wędzidełka, ale taka plastyka nie zawsze pomaga. By usunąć nadmierne naprężenia, można wykonać obrzezanie.

Koniecznym wskazaniem dla Żydów i niektórych Islamistów są także wymogi religijne.

Wskazania, które mogą wpłynąć na zalecenie obrzezania, dotyczą takich przypadków, w których zabieg nie jest niezbędny, ale może zostać wykonany z pożytkiem dla pacjenta. Są to np. czynniki środowiskowe, dotyczące np. klimatu czy miejsca pracy. W krajach, w których temperatura powietrza często wynosi ponad 30 stopni C, mężczyźni częściej cierpią na zakażenia bakteryjne i stany zapalne, dlatego obrzezanie stanowi tu element profilaktyki. Czasem zapobiegawczo obrzezają się też te osoby, których specyfika pracy polega na wyjazdach do gorących krajów.

Luźny napletek to kolejne wskazanie zalecające obrzezanie. Zbyt duża ilość skóry może podczas stosunku seksualnego powodować dyskomfort. Ponadto pod napletkiem gromadzi się większa ilość potu i wilgoci, co sprzyja zakażeniom i zapaleniom. Długi napletek może być przyczyną przedwczesnego wytrysku, gdyż zasłoniona przez niego żołądź staje się bardziej wrażliwa na dotyk. By uniknąć tych problemów, można wykonać obrzezanie.

Ostatnia grupa wskazań do obrzezania ma charakter fakultatywny. Mieszczą się w niej czynniki profilaktyczne – obrzezanie zapobiega nowotworom penisa i prostaty. Ryzyko zachorowalności na raka wzrasta wraz z ukończeniem 40 roku życia. Z badań wynika, że mężczyźni obrzezani chorują na niego rzadziej.

Inny czynnik nieobligatoryjny to chęć zachowania higieny – u mężczyzn obrzezanych pod napletkiem nie gromadzi się nadmiar potu ani smegmy, nie utrzymuje się tam zbyt duża wilgotność. Obrzezanie ułatwia zachowanie higieny. Jest to ważne w przypadku osób upośledzonych fizycznie lub umysłowo, które często nie są w stanie samodzielnie zadbać o higienę intymną.

Ostatnim wskazaniem do obrzezania, które nie ma charakteru bezwzględnego, jest chęć poprawy jakości życia seksualnego. Odsłonięta żołądź staje się mniej podatna na bodźce dotykowe, dzięki czemu mężczyzna jest w stanie dłużej utrzymać erekcję i wydłużyć stosunek.